MySQLから出力されるLOGファイルの内容を見ていたら、表示されている時間が明らかにおかしい表示になっていました。
コマンド画面で確認したら、表示される時間がずれています。
 
調べてみると「log_timestamps」を「my.cnf」設定することで対処できるらしいので、設定しておきます。
(Windwos環境の場合は、ファイル名が「my.ini」になっている)